Исследователи из Германии создали инструмент scSLAM-seq, который позволил увидеть, какие гены включаются у отдельно взятой клетки, когда ее атакует вирус.
Не так давно у ученых появился новый инструмент scRNAseq. Он впервые позволил наблюдать активные гены у отдельно взятой клетки, однако при этом клетка погибала и невозможно было определить реакцию микроорганизма на атаку вируса.
Чтобы изучить данный процесс, ученые из двух университетов в Вюрцбурге (Бавария, Германия) создали новый метод, получивший название scSLAM-seq. Его суть заключается в том, что с вирусом в клетку добавляется «помеченный» урацил – один из компонентов для строительства РНК. После того как появление вируса активировало защитные механизмы клетки, включились определенные гены, которые стали производить новые РНК. Использование «меченого» компонента позволило без труда отличить новые РНК от уже имевшихся ранее, и это дало возможность определить конкретные гены, запустившие процессы производства.
Также ученые отметили, что клетки либо сразу выдают мощный ответ вирусу (в экспериментах с мышами использовался цитомегаловирус, имеющийся у 80% населения Земли), либо же не отвечают ему вовсе. Это дает возможность вирусу захватить «пассивную» клетку и начать производить себе подобные микроорганизмы, заражая организм. В то же время клетки, которые сразу дали активный ответ вирусу, предупреждают об атаке своих «соседей» и уже вскоре ответной реакцией управляет иммунная система организма, активирующая все новые и новые клетки. Такой подход, уверены ученые, позволяет нашему организму избегать аутоиммунных заболеваний, когда клетки атакуют даже здоровых «соседей».
Немецким ученым удалось собрать много сведений о работе клетки в первые часы после внедрения в нее вируса, но клеток много и все они отвечают по-разному, поэтому впереди у исследователей еще очень много работы. Тем не менее создатели scSLAM-seq уверены, что их метод очень поможет врачам-онкологам и ученым-медикам, создающим новые лекарства.